Bereits seit 2003 besteht die Graduiertenschule in Hannover. Mit dem Studiengang Molekulare Medizin wurde durch die HBRS eine strukturierte Doktorandenausbildung eingeführt. Bis zum heutigen Tage wurden noch zwei weitere PhD-Programme entwickelt: Infektionsbiologie und Regenerative Wissenschaften. Zwei Graduiertenkollegs, ein StrucMed-Programm sowie die Masterstudiengänge Biochemie und Biomedizin komplementieren das derzeitige Ausbildungsangebot. Der Abschluss entspricht dem traditionelleren Doktortitel (Dr. rer. nat.) und ist international anerkannt.

Ein spezielles PhD Programm mit dem Schwerpukt Lunge wird in naher Zukunft an der MHH etabliert werden. Hierbei wird eine enge Verzahnung mit thematisch ähnlichen PhD Programmen der DZL-Partnerstandorte UGMLC und CPC angestrebt.